El 24 de Marzo de 1530 llegó Nuño Beltrán de Guzmán a la vista de Tonallán, y mandó formar 3 escuadrones: uno al mando de Cristóbal de Oñate, otro a las órdenes de Francisco Verdugo y el tercero a cargo del propio Nuño de Guzmán, para atacar el señorío gobernado por la mujer Cihualpilli Tzapotzinc, que tenía como tributarios a los señoríos de Tlaquepaque, Tololotlán, Coyolán, Mexquitán, Tzalatitán, Atemajac, Tetlán, Tateposco,  Tlaxomulco, Cuescomatitán, Coyutlán y Toluquilla.

Dicha maniobra fracasó, sin embargo, Francisco Verdugo después de perseguir a los defensores que se dispersaron, regresó al día siguiente, llevando en son de paz, a varios de los principales dirigentes de los pueblos que formaban parte del señorío de Tonalllan: Tlaquepaque, Tetlán, Zalatitán, Mezquitán y Atemajac. Esto nos marca el primer contacto de los españoles con el pueblo de Tlaquepaque.

Fray Antonio Tello menciona en su "Crónica Miscelánea de la Santa Provincia de Jalisco" (1648-1653) a Coyotl, Chicacot y Tenahatl como los señores de Tlaquepaque, quienes se rindieron ante Nuño de Guzmán y le dieron la bienvenida obsequiándole guajolotes, huevos, aguacates y otros productos de la región. Según el autor, el pueblo en esta época contaba con aproximadamente con 1,000 habitantes.

En el curso del siglo XVIII San Pedro Tlaquepaque cambió de fisonomía.  En 1738 según el texto anónimo que recoge,  los "Instrumentos y Autos Originales Hechos sobre la Fundación del Convento de las Religiosas Recoletas Agustinas de la Gloriosa Santa Mónica de Guadalajara", aquella localidad surtía a ésta de frutas y legumbres, y en los días de primavera servía de recreo a los habitantes de la capital Nueva Galicia, quienes "haciendo un paréntesis en sus afanes, salían en sus furlones o caballos a divertirse con la vista de los amenos prados de rosa que llaman de Castilla".

San Pedro se encuentra dividido en cuatro barrios: Santa María, Santo Santiago, San Francisco y San Juan, los que desde el siglo XIX se han caracterizado por la gran variedad de productos artesanales, donde sus habitantes han persevado los valores culturales recibidos de generación en generación, con sus aportaciones y creatividad, mismas que agregan nuevos contenidos que aseguran el crecimiento y preservación de Nuestro Patrimonio Cultural.

Una vez que Jalisco se constituyó como estado, nombró Ayuntamientos para sus pueblos, fue así como finalmente el 27 de Octubre de 1824 se reconoció con el nombre de Ayuntamiento de San Pedro a Tlaquepaque, siendo presidido en ese entonces por Don Brígido Rosales.

En 1838, San Pedro Tlaquepaque adquiere la categoría de pueblo. En 1843, se convierte en Villa y en 1873, por decreto del Congreso del Estado, se erige una directoría política.

Es así como en esta época comienzan a llegar a San Pedro visitantes ingleses, alemanes y franceses, quienes quedan asombrados de la capacidad de sus habitantes para representar en barro la expresión humana con gran fidelidad.

San Pedro Tlaquepaque actualmente es el centro artesanal más grande de México con prestigio a nivel mundial, donde se pueden encontrar los mejores productos artesanales del país.