La pequeña capilla construida por los Franciscanos a inicios del Periodo Colonial, pronto fue insuficiente para albergar a los feligreses, por lo que las autoridades eclesiásticas autorizaron la edificación de un nuevo recinto. Es así, que en el transcurso de los Siglos XVII, y XVIII se efectúo tal obra; y de acuerdo a las crónicas de algunos historiadores quienes narran que en 1670 vecinos de San Pedro creyeron conveniente construir una nueva iglesia dado que la que se tenía se vino abajo pues era de un material muy endeble.  Para el año 1700 estaba terminado el nuevo recinto y no olvidaron a su Santo Patrono, San Pedro, a quien dedicaron este nuevo templo.

En el interior cuenta con tres naves con retablos neoclásicos en cantera y en su fachada se aprecian diferentes estilos arquitectónicos tales como el bizantino, basilical, romano, y barroco de dos cuerpos y rematada por una sola torre coronada por una copulilla; además en la misma fachada se ostenta el escudo de la orden franciscana encargada de la construcción. En el crucero izquierdo se conserva una pintura que representa a San Pedro Apóstol en el momento que escucha el canto del gallo. El 27 de Octubre de 1845 fue elevada a la categoría de Parroquia y separada de la  Jurisdicción de la Parroquia de San José de Analco.